la cité d'Atlantis dérive dans l'espace, l'expédition tente par tous les moyens de rejoindre leur nouveau monde avant qu'il ne soit trop tard. .
- Sortie : 28 septembre 2007, :29 janvier 2009.

Pour sauver la cité, l'expédition se prépare à une mission risquée pour récupérer un ZPM sur le monte des réplicateur. Samantha Carter essez de localiser Atlantice. .
- Sortie : 5 octobre 2007, : 29 janvier 2009.

Ronon rencontre des anciens compagnons, ce dernier doit alors décider s'il désire demeurer sur Atlantis ou rejoindre ses compagnons.
- Sortie : 12 octobre 2007, :29 janvier 2009.

Sheppard réveille accidentellement une forme de vie cristalline, ce derniere désire éliminer le reste de l'expédition en envahissant leur cauchemards sous la forme de colonel Sheppard. .
- Sortie : 19 octobre 2007, :5 février 2009 .

Sheppard ce fait capturé par des habitants d'un vaisseau spatial de type Eurora, ils désirent l'utiliser son habileté à manipuler les technologies des Anciens à leur avantage..
- Sortie : 26 octobre 2007, : 5 février 2009.

un virus cause une amnésie sur tout le monde à l'exception de Teyla et Ronon, l'équipe Atlantis doit trouver un remède avant que leur mémoire ne soit effacée.
- Sortie : 2 novembre 2007, : 12 février 2009.

Teyla et le docteur Keller visitent la nouvelle Athos, mai elles se font attaquées par un peuple de guerriers primitifs.
- Sortie : 9 novembre 2007, : 12 février 2009 .

À la recherche des Athosiens, l'équipe rencontre un homme ayant d'impressionants pouvoirs prophétiques qui leur prédit divers évenement mai aussi un avenir sombre pour Atlantis. .
- Sortie : 16 novembre 2007, : 19 février 2009.

sur Terre, le Dr Rodney McKay et sa soeur Jeanie Miller sont kidnappés par Henry Wallace pour sauver la vie de sa fille d'une grave maladie par l'utilisation de nanotechnologie alien.
- Sortie : ---- 2009, : 19 février 2009.

L’expédition appréhender leurs couvertures après que la cité est percutée par un étrange drone, pensant que les Réplicateurs aurai localisé la cité. Mais quand Dr Weir fait sa réapparition, l’équipe se rend compte que cette sonde est un grand mystère.
- Sortie : 7 décembre 2007, : 26 février 2009.

McKay découvre comment anéantir les Asurans. Parallèlement, l'équipe d'Atlantis est contrainte de faire équipe avec les Wraiths afin de combattre les Asurans pour les distraire et que McKay les anéantissent une bonne fois pour toutes. Les vaisseaux de Larrin se joignent à eux pour cet affrontement inédit.

- Sortie : 4 janvier 2008, : 26 février 2009 .

L'équipe d'Atlantis réussi avec succès le sauvetage d'un Hive Ship partiellement endommagé et ils récupèrent d’importantes informations qui peuvent les aider dans leur combat contre les Wraiths.

- Sortie : 11 janvier 2008, :05 mars 2009.

La cite d’Atlantis ce mai inexplicablement mode verrouillage en laissant les occupants de la cité dans une situation plus que préoccupante.
- Sortie : 18 janvier 2008, : 5 mars 2009.

Lors d'une visite sur un monde avec lequel l'équipe de Sheppard avait précédemment créé un lien commercial, Sheppard et McKay doivent entreprendre un pèlerinage afin de protéger la future reine et l'avenir de leurs relations diplomatiques avec ce monde.

- Sortie : 25 janvier 2008, : 12 mars 2009 .

Sheppard retourne sur Terre pour assister à l'enterrement de son père, puis il est recruté pour récupérer un réplicateur à forme humaine créé par un laboratoire sur Terre.

- Sortie : 2 février 2008, : 12 mars 2009.

Carter, McKay puis le Dr Keller se retrouvent coincés dans une salle sur le point de s'effondrer à tout momment au fond d'un abysse.

- Sortie : 8 février 2008, : 19 mars 2009.

Teal'c va sur Atlantis pour rencontrer Ronon pour le préparer aux questions de l'I.O.A, mais ces derniers doivent travailler ensemble car des Wraiths réussissent à prendre la station Midway pour se rendre sur Terre.

- Sortie : 15 février 2008, : 19 mars 2009.

Une mystérieuse maladie balaie la galaxie Pégase, Teyla est persuadée par une vision que le père de son enfant essaie de communiquer avec elle. Elle essai de joindre Sheppard qui lui est parti en mission pour le mettre au courant de la situation.

- Sortie : 22 février 2008, : 26 mars 2009.

l'équipe d'Atlantis est surprise de l'apparition d'un ancien ami que tout le monde croyait mort revient miraculeusement parmi eux.

- Sortie : 29 février 2008, : 26 mars 2009 .

Sheppard retourne sur Atlantis après une mission, puis c'est alors qu'il trouve la cité abandonnée et tout les systèmes éteints. A la place d'un océan, Atlantis se trouve entourée de dunes de sable à perte de vue.

- Sortie : 7 mars 2008, : 2 avril 2009 .