L'équipe tente désespérément d'empêcher deux vaisseaux ruches d'atteindre la Terre. Sheppard doit faire équipe avec un vieil ennemi pour sauver McKay et Ronon.
- Sortie : 21 juillet 2006, : 17 Avril 07.

L'équipe doit décider de l'avenir des rescapés Wraiths qu'ils ont transformés en humains. Sur Terre, les décisions d'Elizabeth sont remises en doute par le conseil d'administration.

- Sortie : 21 juillet 2006, : 24 Avril 07.

L'équipe de Sheppard rencontre un homme désagréable qui est adoré et portant un secret, ce qui produira sur eux une chose inattendue.

- Sortie : 28 juillet 2006, : 28 Avril 07.

Ronon Dex se fait capturé par des Wraith et revient sur son monde natal. Là, son passé va le hanter et il va de nouveau devenir la proie des Wraith..

- Sortie : 04 août 2006, : 03 mai 07.

L'équipe découvre une civilisation très avancée qui s'est séparée des Lantiens. Mais au fur et à mesure du temps, ils vont découvrir qu'eux aussi veulent Atlantis.

- Sortie : 04 août 2006, : 08 mai 07.

Elizabeth se réveille sur Terre dans un institut psychiatrique. On lui apprend alors que la Porte des Étoiles et Atlantis ne sont que le produit de son imagination.
Sortie US: 18 août 2006

Le Colonel Sheppard se trouve prisonnier d'un commandant de genii, avec un Wraith qui a été séparé de sa ruche.

- Sortie : 25 août 2006, : 29 mai 07.

Rodney retourne sur Terre pour recruter l'aide de sa soeur, Jeannie, qui abandonna une brillante carrière scientifique pour s'occuper de sa famille.

- Sortie : 8 septembre 2006, : 05 Juin 07.

Le comportement des membres de l'équipe est influencé par une technologie extraterrestre lors d'une mission pour secourir une équipe porté disparue.

- Sortie : 15 septembre 2006 2006, : 12 Juin 07.

Le Dédale rencontre un vaisseau spatial endommagé ayant à son bord des Anciens. De retour sur Atlantis, les Anciens reprennent le contrôle de la cité et exigent le départ de l'expédition.

- Sortie : 22 septembre 2006, : 19 Juin 07.

L'équipe doit secourir le Général O'neill et Richard Woolsey qui ont été fait prisonniers par les Asurans sur Atlantis.

- Sortie : 20 novembre 2006, : 11 septembre 2007

Le Dr Carson Beckett voit une équipe médicale opérant un homme sévèrement brûlé lorsqu'ils disparaissent tous mystérieusement. Le De son côté MacKay travaille sur un nouveau projet.

- Sortie : 27 novembre 2006, : 18 septembre 2007.

L'équipe retrouve Lucius Lanvin en train d'utiliser une technologie Ancienne pour se faire passer pour un être courageux.

- Sortie : 4 décembre 2006, : 25 septembre 2007.

Rodney acquiert de nouvelles capacités mentales et décide de recalibrer l'EP2Z d'Atlantis. Cependant, il découvre rapidement que ses nouvelles capacités pourraient s'avérer mortelles.

- Sortie : 11 Décembre 2006 , : 02 Octobre 2007.

Sheppard et McKay découvre que l'un de leurs jeux vidéo contrôle la population d'une vraie planète dans la galaxie de Pégase et que cette dernière est sur le point d'entrer en guerre.

- Sortie : 8 janvier 2007 2006, : 09 Octobre 2007.

Les derniers survivants d'une civilisation sont retrouvés en hibernation. Leur survie est menacée lorsque leur équipement d'hibernation est sévèrement endommagé.

- Sortie : 8 janvier 2007, : 16 Octobre 2007.

Alors que la cité est paisible et que tout le monde vaque à ses occupations, un explosition retentie, faisant de nombreux dégâts.

- Sortie : 15 janvier 2007, : 23 Octobre 2007.

l'équipe d'Atlantis cherche une alternative aux ZPM (ou E2PZ en version française) et essaye apparemment cette solution sur un Jumper. Malheureusement, l'installation tombe en panne alors que le vaisseau se trouve sous l'eau... Il semble que quelqu'un ou quelque chose de surprenant intervienne.

- Sortie : 22 janvier 2007, : 30 Octobre 2007.

Lorsque l'expédition perd contact avec le village des Taraniens, Sheppard et son équipe mènent l'enquête et découvre que Michael serait responsable de la situation.

- Sortie : 29 janvier 2007, : 06 Novembre 2007.

La Terre lance une attaque contre le monde natal des Asurans lorsque l'on découvre que ceux lui ci sont entrain de construire une flotte de vaisseaux de combat.

- Sortie : 5 février 2007, : 13 novembre 2007..