En Antarctique, les études surpervisées par le Docteur Elizabeth Weir vont bon train, et de nombreux scientifiques font des découvertes surprenantes : le scientifique Carson Beckett découvre que l'arme des Anciens est sensible à un gène rare que certains humains possèdent, et Daniel Jackson parvient à trouver l'adresse de la mythique Cité Perdue des Anciens, Atlantis. Le Général O'Neill, accompagné du Major John Sheppard, se rend sur les lieux pour se tenir informé. Là, Daniel et le Docteur Rodney McKay lui apprennent que la Cité d'Atlantis était en fait une cité volante qui est partie dans la Galaxie de Pégase. Ils ont besoin d'un EPPZ, un générateur d'énergie qui avait été découvert par O'Neill dans "La Cité Perdue, 2/2" (SG-1, 7-22) -- la quantité d'énergie nécessaire à encoder les huit chevrons et à ouvrir un vortex vers Atlantis étant très importante. De son côté, le Major Sheppard explore la base scientifique, et s'assoit sur le siège de l'arme des Anciens, parvenant immédiatement à la mettre en fonction. Comme il dispose du gène des Anciens et qu'il semble prédisposé à utiliser leur technologie, Weir le veut dans l'équipe qui embarquera vers Atlantis, dans le but d'en apprendre plus sur les Anciens.
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